Plateforme transcriptome – Université de Bordeaux

- Laboratoire
- Pessac
- (33610)
- Centres de recherche - Laboratoires

Présentation
La Plateforme transcriptome réalise des études d'expression de gènes dans le cadre de projets scientifiques dans divers tissus chez la souris, le rat, l'humain…
Notre équipement haut-débit en PCR quantitative (PCRq) nous permet de traiter 20 plaques 96 puits ou 384 puits par jour. Nous sommes également équipés en digitale PCR (dPCR) ce qui nous permet de réaliser de la quantification absolue des échantillons sans gamme standard. Les quantifications en PCRq et dPCR peuvent être réalisées en technologie SyberGreen, EvaGreen ou sondes fluorescentes.
Plus de 4500 couples d'oligonucléotides sont déjà répertoriés et validés dans notre base de données. La Plateforme transcriptome est organisée en 3 pièces :
- un laboratoire de 25m2 pour la préparation des échantillons
- une pièce pour la manipulation et la préparation des oligonucléotides
- une pièce dédiée à la PCRq.
La Plateforme transcriptome est à la disposition de tous les membres du Neurocentre Magendie mais également accessible à toute la communauté scientifique (utilisateurs publics et privés).
Activité
Études d'expression de gènes
Quantification absolue sans gamme standard
Présentation
La Plateforme transcriptome réalise des études d'expression de gènes dans le cadre de projets scientifiques dans divers tissus chez la souris, le rat, l'humain…
Notre équipement haut-débit en PCR quantitative (PCRq) nous permet de traiter 20 plaques 96 puits ou 384 puits par jour. Nous sommes également équipés en digitale PCR (dPCR) ce qui nous permet de réaliser de la quantification absolue des échantillons sans gamme standard. Les quantifications en PCRq et dPCR peuvent être réalisées en technologie SyberGreen, EvaGreen ou sondes fluorescentes.
Plus de 4500 couples d'oligonucléotides sont déjà répertoriés et validés dans notre base de données. La Plateforme transcriptome est organisée en 3 pièces :
- un laboratoire de 25m2 pour la préparation des échantillons
- une pièce pour la manipulation et la préparation des oligonucléotides
- une pièce dédiée à la PCRq.
La Plateforme transcriptome est à la disposition de tous les membres du Neurocentre Magendie mais également accessible à toute la communauté scientifique (utilisateurs publics et privés).
Activité
Études d'expression de gènes
Quantification absolue sans gamme standard
La plateforme transcriptome de l'université de Bordeaux propose ses services sur :
- Extraction des acides nucléiques (ARN et ADN) et des protéines
- Quantification des acides nucléiques
- Contrôle qualité des ARN totaux
- Synthèse d’ADNc avec contrôle qualité (protocoles adaptés aux quantités d’ARN)
- Design et validation des amorces de PCRq et dPCRPCRq avec les chimies Sybrgreen et sondes Taqmand
- PCR avec les chimies Evagreen et Taqman
- Sélection des contrôles appropriés pour la PCRq et dPCR
- Pré-amplification pour les très faibles quantités avec protocoles individualisés
Equipements
- Le détail des équipements est disponible sur leur site web
- Nanodrop 1000
- Thermo Scientific
- Nanodrop 3300
- Thermo Scientific
- DS11 Denovix
- Bioanalyzer 2100
- AgilentLabchip
- GX Caliper
- Thermocycleur Eppendorf nexus gradient
- Thermocycleur Bio RadLightCycler 480
- Roche automatisé avec TwisterII
- CaliperAutomated droplet generator et QX200 droplet reader
- Bio-RadTissueLyser II
- QiagenEpMotion 2075
- Eppendorf
- EQUIPEMENT : Equipements laboratoires - Simulation, Espace logiciel
- ACCOMPAGNEMENTS : Accompagnement technique / technologique
- -
Offre proposée par :
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