Plateforme Protéome – Université de Bordeaux

La Plateforme Protéome (PP) propose une expertise et des équipements pour la séparation, l’identification et la caractérisation des protéines, la quantification et l’analyse différentielle ou encore la recherche de partenaires protéiques.

L’analyse des protéines est réalisée par la méthodologie dite « bottom-up » à partir d’équipements couplant la nano-chromatographie liquide à des spectromètres de masse de dernière génération équipés d’analyseurs de type Orbitrap. Ces nouvelles générations d’analyseur permettent une analyse à très haute résolution et à très haute vitesse de balayage pour une sensibilité optimale autorisant l’analyse d’échantillons complexes voir très complexes.

L’analyse de protéines intactes (purifiées ou en mélange), est possible par l’approche dite « top-down », à partir des méthodes implémentées sur les dernières générations d’instruments disponibles au sein de la PP.

Enfin, la PP propose différentes stratégies d’enrichissement et/ou d’analyse bio-informatique pour la caractérisation de modifications co/post-traductionnelles (i.e. phosphorylation, ubiquitination, glycosylation).

Pour l’étude des espèces non séquencées, la PP propose son expertise relative à l’identification des protéines par séquençage de novo. Différents logiciels spécifiques à ce type d’analyse sont disponibles. Concernant la protéomique quantitative/différentielle, la PP offre la possibilité d’analyser vos échantillons par la technique label-free qui permet de comparer plusieurs échantillons sans étape de marquage des protéines/peptides.

Equipements

Le détail des instruments est disponible sur leur site web

Modalités d’accès

Avant de soumettre des échantillons, il est souhaitable de prendre contact avec la PP afin d’établir une stratégie d’analyse adaptée au contexte et mettre au point les conditions expérimentales (préparation et analyse).

Les projets nouveaux devront faire l’objet d’une demande auprès des opérateurs.

Une fiche de demande d’analyse est disponible et devra être complétée afin d’étudier la faisabilité du projet (Demande d’analyse).

Une réunion préparatoire pourra être organisée entre les partenaires si nécessaire. La responsable de la PP désigne un « contact » au sein de la Plateforme qui deviendra l’interlocuteur privilégié de l’utilisateur. L’utilisateur valide la demande d’analyse (cahier des charges, type de prestation, échéancier, devis, personnel PP impliqué).

Les prestations sont rendues soit sous forme de collaboration, soit sous forme de prestation de recherche :Dans le cas d’une collaboration, le laboratoire porteur du projet scientifique assume les frais de fonctionnement. Dans ce cas, le personnel de plateforme impliqué est co-propriétaire des résultats et co-auteur des éventuelles publications scientifiques résultant de la collaboration. Dans le cas d’une prestation de recherche, le laboratoire porteur du projet scientifique assume non seulement les frais de fonctionnement mais aussi les frais d’expertise. Dans ce cas, le laboratoire porteur du projet reste propriétaire exclusif des résultats.

Une définition du cadre strict de la prestation ainsi qu’un devis seront établis à chaque demande faite à la PP.Tutelles et partenariat Université de Bordeaux, CNRS Centre national de la recherche scientifique

Enfin la plateforme propose des formations pratiques et ou théoriques à destination de la communauté étudiante et scientifique :

Les points abordés lors de ces journées portent sur les technologies proposées sur notre site à savoir : la séparation des protéines via les différentes techniques électrophorétiques disponibles, l’analyse des images de gel, l’identification, la caractérisation et la quantification des protéines par spectrométrie de la masse et l’analyse bioinformatique des données.